In de volgende jaren werd de financiele situatie van Achter de kerk steeds slechter, en daaruit volgde dat het onderhoud van het gemeenschappelijk bezit steeds verder achter kwam te lopen.
In 1894 was de situatie blijkbaar gevaarlijk geworden, en gelastte de burgemeester van Zaandijk de buurtbewoners hun bruggen in orde te brengen. Anders zouden ze worden afgesloten. Geldinzamelingen brachten nog een keer voldoende op. Met name bedrijven die belang hadden bij het openhouden van de bruggen droegen veel bij. In 1896 werd de hoge brug over de Nieuwe Vaart vervangen, in de jaren daarna twee kleinere bruggetjes. Maar het einde kwam toch in zicht. Steeds nieuwe (en steeds hogere!) kosten dienden zich aan, en steeds zwaarder viel het de bewoners deze kosten op te brengen.
In de jaarvergadering van 1907 stelde de directie van Achter de kerk de bewoners voor om er maar mee op te houden en de hele boel aan de gemeente over te dragen. De vergadering stemde hier mee in. Daarna zou het nog een paar jaar duren, maar tenslotte werden in 1912 de paden, de bruggen en de Nieuwe Vaart door Zaandijk overgenomen; officieel (voor de notaris) vond de overdracht vervolgens in februari 1913 plaats. De ingelanden moesten aan de gemeente nog een bedrag van twaalfhonderd gulden toe betalen, voor al het achterstallige onderhoud. Waarschijnlijk blij dat men daarna eindelijk van alle beslommeringen af zou zijn, brachten de buurtbewoners dit bedrag bijeen.
Hiermee kwam een eind aan de bestuurlijke autonomie, een eind aan 'het dorp in het dorp'. Uit ongeveer dezelfde periode stamt ook de eerste duidelijke beschrijving van de buurt. In de voetsporen van T. Woudt kunnen we een wandeling maken door Achter de kerk omstreeks 1905. Woudt ging de buurt in via het grote plein dat direct achter de kerk lag. Aan de noordkant van dit plein lag een brug, die naar het Langepad voerde. Het Langepad liep langs een sloot en was aan de zuidzijde bebouwd. Onmiddellijk achter de brug lag eerst het erf dat hoorde bij de scheepswerf van De Boer, waar in 1878 de grote brand was begonnen. De Boer bouwde omstreeks 1905 al voornamelijk ijzeren scheepjes. Het bedrijf werd later overgenomen door de Zaanlandsche Scheepsbouw Maatschappij en werd toen verplaatst naar het Kalf te Oostzaandam.
Achter de terreinen van de scheepswerf stonden twee woonhuizen, dan een schuur van een petroleumhandelaar, dan een dubbel woonhuis, en dan de smederij van Pielkenrood. De vatenfabriek van Pielkenrood zou hier uit voortkomen, die thans een groot deel van het gebied ten oosten van de Nieuwe Vaart in beslag neemt. Daarachter stond weer een woonhuis en dan kwam de draaibrug over de Nieuwe Vaart. Aan de andere kant van de sloot waarlangs het Langepad liep, strekten zich eerst de lange schuren van Vredenduin uit. Daarachter (vanaf het Langepad via twee kleine bruggetjes te bereiken) stond op de oostwal van de Nieuwe Vaart een achttal kleine houten huisjes, die bij de buurt Achter de kerk hoorden.